Союз педиатров России состоит из региональных отделений, члены которых разделяют и осуществляют цели и задачи, предусмотренные Уставом Союза.

            Отделения Союза действуют на основании Устава Союза, а также могут действовать на основании своих Уставов, не противоречащих Уставу Союза.

Отделения Союза создаются по решению Исполнительного Комитета Союза и решению Собрания членов отделения, проживающих на территории своего региона, высшим руководящим органом регионального отделения, действующего в соответствии с Уставом Союза, является Собрание членов отделения, созываемое Председателем не реже одного раза в год. В компетенцию Собрания отделения входит рассмотрение любого вопроса, в том числе принятие Устава отделения, избрание руководящего и контрольного органов отделения сроком на 3 года, избрание на тот же срок Председателя отделения, утверждение их отчетов, руководитель (Председатель) отделения осуществляет текущее руководство деятельностью отделения в период между Собраниями.